استقرار نظام جمهوری اسلامی مبتنی بر نظریه ولایت فقیه، جایگاه حوزه‌های علمیه را در عرصه حکمرانی دینی دگرگون ساخت؛ با این حال، علی‌رغم تأکیدات امام خمینی(ره)، تاکنون الگویی جامع و ساختاریافته از این تعامل ارائه نشده است. پژوهش حاضر با هدف طراحی الگوی تعامل حوزه‌های علمیه با نظام اسلامی از دیدگاه امام خمینی(ره) انجام شد. این پژوهش از حیث هدف بنیادی و از منظر رویکرد کیفی است که با روش تحلیل مضمون (تماتیک) به بررسی بیانات، پیام‌ها و آثار مکتوب امام خمینی(ره) در صحیفه امام با شیوه نمونه‌گیری هدفمند پرداخته است. روایی الگو نیز از طریق بازبینی و نظارت پنج تن از اساتید خبره حوزوی تأیید شد. یافته‌ها در قالب شبکه‌ مضامینی شامل ۵۲ مضمون پایه، ۲۸ مضمون سازمان‌دهنده و ۱۳ مضمون فراگیر صورتبندی شد. این شبکه مضامین در چهار بعد اصلی سازمان یافته است: ۱) زیرساخت و بسترسازی تعامل (خدمت، تربیت و هدایت)، ۲) کارکردهای راهبردی و حفاظتی (پاسداری از دین و نظام و صیانت از سلامت حکمرانی)، ۳) بسترهای نهادی و فرهنگی (توسعه زیرساخت‌ها، ارتباط حوزه و دانشگاه و حفظ استقلال مالی و فرهنگی)، و ۴) افق‌های تحولی و تمدنی (استحکام پایه‌های نظام دینی، تحول در علوم انسانی و تمدن‌سازی). نتایج نشان می‌دهد تعامل حوزه و نظام، رابطه‌ای تک‌بعدی نیست، بلکه الگویی پویا، چندلایه و هم‌افزا است که در عین پشتیبانی و حضور فعال در اداره امور، استقلال انتقادی و هویتی حوزه‌ها را حفظ می‌کند. این الگو راهنمای عمل نهادهای سیاست‌گذار حوزوی و حاکمیتی است.